En este periodo de programación, el coste estimado para el mantenimiento del conjunto de la Red Natura 2000 en el conjunto de España es de 1.408 millones de euros al año, de los que alrededor de 1.385 corresponden a la parte terrestre y unos 23 millones de euros al año a la parte marina de la Red. El 23,6% de la cuantía estimada se prevé para medidas horizontales y costes administrativos, un 48,6% se destinaría a medidas necesarias en lugares Natura 2000, un 21,3% para medidas de infraestructura verde y, finalmente, un el 6,5% a medidas específicas de especies no relacionadas con ecosistemas específicos.
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